Séparée du continent africain par le canal de Mozambique et baignant dans l'océan Indien, Madagascar s'étire du Nord au Sud sur 1 580 km entre l'Equateur et le Tropique du Capricorne et, d'Est en Ouest, sur environ 500 km.

Une haute chaîne montagneuse sépare l'île en deux du Nord au Sud avec un plateau central qui se situe entre 1000 et 1200 mètres d'altitude moyenne. Au Nord de la chaîne se trouve le plus haut sommet culminant à 2 876 mètres puis, au centre, la capitale Antananarivo (Tananarive) est située à 1 477 m d'altitude. En descendant vers le Sud, le massif volcanique du Vakinankaratra est dominé, à 2 644 m, par le Tsiafajavona prolongé par le Betsiléo et sa capitale Fianarantsoa.

 
En raison de leur altitude, les Hauts Plateaux bénéficient d'un climat tempéré parfois même très frais tandis que, sur la côte Est, la bande côtière d'environ 60 km de large est soumise à un climat tropical. Le climat humide et chaud favorise l'exubérance de la végétation : café, cacao, vanille, girofle, litchi, etc.
Par contre, la bande occidentale de Antsiranana (Diego Suarez) à Toliara (Tuléar) s'étend sur une largeur moyenne de 200 km. De grands fleuves la sillonnent notamment la Betsiboka, le Manambolo et la Tsiribihina. Le climat chaud et sec permet les cultures comme le maïs, les pois du cap, le tabac et le riz dans les zones irriguées. L'extrême Sud, traversé par le Tropique du Capricorne, est plat et sablonneux. Seuls les cônes géants des termitières sont les "points culminants". Une grande sècheresse sévit depuis longtemps.

L'année est partagée en deux saisons : la saison chaude et pluvieuse de Novembre à Avril et la saison froide et sèche de Mai à Octobre. Chaque année, les cyclones arrivent de l'Océan Indien sur Madagascar par la côte Est entre Janvier et Mars et dévastent avec plus ou moins de violence les régions traversées.

Le canal des Pangalanes : tout au long de la côte Est existait une suite de petits lacs séparés par des seuils appelés pangalana qui ont été reliés, dès 1897, à l'initiative de Galliéni (reprenant l'idée du gouvernement hova) pour former un canal qui permettrait la circulation des marchandises jusqu'au grand port de Toamasina (Tamatave). Ce n'est qu'à partir de 1949 que les travaux ont recommencé et ont avancé efficacement avec l'arrivée d'une drague flottante provenant des Pays Bas. Enfin, les pirogues et bateaux de transport de marchandises peuvent naviguer sur 650 km sur ce canal à l'abri des vagues de l'océan Indien.
Le ré-ensablement incessant a bloqué la navigation des gros bateaux pendant plusieurs années au 20^ème siècle mais un dragage efficace offre actuellement une très belle "autoroute fluviale" sur la côte Est.